Em 1797, na Bahia, o interesse da população em expandir a produção da mandioca foi lesado após a constatação da falta de madeiras no Arsenal Real da Marinha de Lisboa. A inviabilidade da coroa garantir a construção de navios de guerra culminou na elevação da política de proteção das matas americanas a outro patamar. As tensões entre os administradores locais, que executavam as ordens régias de exercer maior controle sobre os cortes, e os plantadores de mandioca e pequenos fabricantes de barcos, que sentiam atacar os seus direitos, não tardou.

Disposto a propor soluções para o problema do desmatamento, o secretário da Marinha e Ultramar, D. Rodrigo de Sousa Coutinho, assim que assume o cargo em 1796 entra em contato com Balthazar da Silva Lisboa – bacharel nascido na Bahia que até então exercia o cargo de Ouvidor no Rio de Janeiro. Dessa troca de ideias se concretiza, no mesmo ano, o acordo para que Silva Lisboa fosse transferido do Rio de Janeiro para Ilhéus e lá assumisse o cargo de Ouvidor da Bahia.

O choque entre a formação ilustrada adquirida em Coimbra e a realidade da colônia logo veio. No ano seguinte, 1797, o governador recebeu uma carta régia com instruções para a elaboração de um plano relativo ao corte de madeiras, cabendo ao recém chegado Ouvidor promover reuniões entre autoridades e checar possíveis oposições para a implementação da proposta. Apesar da rápida reação da população, que protestou antes mesmo de a versão final do plano ser concluída, sob a justificativa de que o impedimento do avanço das plantações de mandioca e a proibição da construção de navios causaria escassez de alimentos e miséria, a administração anterior, considerada mais liberal, não se reestabeleceu.

Em 1799, a proposta foi enviada junto com um relatório detalhado sobre a origem, diversidade natural e comércio de ilhéus. A proposta feita foi a de incorporação das matas situadas na costa marítima e nas margens dos rios à Coroa, proibição da derrubada de árvores com valor para a construção naval por proprietários, além do estudo de restituição de terras já doadas no sistema de sesmarias.

Com a aprovação metropolitana, pequenos proprietários de serrarias, construtores de pequenos barcos, senhores de engenho e plantadores de mandioca de Ilhéus endureceram a resistência. Sob a liderança do popular Padre Joaquim Francisco Malta eles fizeram reconhecer suas insatisfações, quase irreconciliáveis, em diversas representações – documentos escritos e assinados por membros representativos da localidade expressando queixas e pedindo reformas aos governantes – enviadas a D. Maria I. Alegada a injustiça cometida por parte do Ouvidor, destacou-se também o ataque ao bem comum solicitando muitas vezes indenizações.

Por conta da pressão e grande repercussão das insatisfações na capitania – que ainda vivia o impacto da Conjuração Baiana de 1798 – seis meses após o envio do regimento ao Príncipe regente D. João, o governador reavaliou a situação do corte de madeira e decidiu por liberar o uso para os engenhos e plantações de mandioca. O recuo em nome da manutenção da ordem exigia somente que os cortes nas terras doadas fossem autorizados pelo Ouvidor, nomeado após seus feitos de Juiz conservador das matas, permanecendo no cargo até 1818.