O setor de História Moderna desmembrou-se da História Contemporânea e passou a constituir um setor autônomo nas seleções para ingresso aos cursos de mestrado e doutorado do PPGH-UFF em 2003. Acolhe pesquisas temporalmente situadas entre o século XV até princípios do século XIX, no período também convencionalmente chamado de primeira modernidade, a partir de um conjunto de problemas historiográficos específicos.
O grupo é composto por pesquisadores que compreendem a Época Moderna para além das fronteiras europeias, considerando sua pluralidade étnica e a diversidade de organizações políticas, sociais e culturais nos vários continentes. Congrega assim reconhecidos especialistas em Brasil, América, África, Europa e/ou dinâmicas mais globais.
As investigações de docentes e discentes ocorridas no âmbito da casa com frequência inovam e consolidam temas situados no período, contribuindo para formar quadros universitários que atuam em várias regiões do país. O setor possui reconhecimento nacional e internacional, exercendo liderança em diversos campos de pesquisa.

Nesse âmbito, destacam-se os confrontos culturais surgidos das experiências coloniais características dos impérios ultramarinos; relações comerciais; formas de exploração do trabalho; o conhecimento do mundo natural; o racionalismo e o pensamento científico; os tipos de organização política que estruturam as sociedades; a intolerância racial e religiosa; os direito(s), justiça(s) e suas interfaces institucionais; as ideias político-teológicas; os movimentos e organizações religiosas e o pensamento filosófico.
Os pesquisadores buscam abordar a Época Moderna por meio de investigações que priorizam a história política e/ou das religiosidades, a história de instituições, a história intelectual, o estudo da cultura material, a história do livro, a análise de formas de propriedade e conflitos sociais, o estudo das trocas mercantis, a história do trabalho, a história das relações de gênero, pesquisas sobre grupos étnicos, culturais e sociais. Nas investigações, promove-se a análise criteriosa de diversos tipos de fontes produzidas no período, bem como os debates historiográficos pertinentes. Os estudos são empreendidos em várias escalas de abordagem, da história global à micro-história.