O Colegiado do Instituto é a instância máxima de deliberação onde são discutidas e aprovadas as políticas pedagógicas, financeiras e administrativas. Também tem sob sua responsabilidade a análise e aprovação de convênios, contratos, planos e pareceres, processos e a elaboração de normas e diretrizes. O colegiado é presidido pela Direção e composto pelo chefe de departamento, pelos coordenadores de graduação e de Pós-graduação, representantes de docentes, funcionários técnicos administrativos e do corpo discente, eleitos por períodos de dois anos. O colegiado realiza reuniões periódicas, além das reuniões extraordinárias que possam ser chamadas.