A Companhia das Índias é um instrumento de aproximação entre pesquisadores dedicados aos Tempos Modernos, não só da Universidade Federal Fluminense, mas também de outras instituições, no Brasil e no exterior. O site foi criado para atender a duas demandas. De um lado, a dos pós-graduandos e graduandos interessados nos Tempos Modernos, que solicitam um canal de discussão para as problemáticas envolvidas em suas teses, dissertações e monografias. De outro, de um  grupo de professores do Departamento de História da UFF, cujas pesquisas voltam-se para o período. Além disso, a Companhia das Índias, ao definir um corte temporal longo e um recorte geográfico amplo, estimula pesquisas comparativas e, sobretudo, que insiram a problemática colonial no quadro mais amplo de formação do mundo moderno.